Pirna wurde 1233 erstmals urkundlich erwähnt. Über die Herkunft des Namens Pirna ranken sich viele Geschichten. Eine besagt, dass sich der Name Pirna von na pernem, d. h. auf dem Harten, sprich Felsen, ableitet. Eine andere Deutung des Namens geht von einer slawischen Form von pirno oder pirna aus. Das Wort pir bedeutete glühende Asche. Dies könnte auf eine Feuer-Rodungsstelle oder Opferstätte mit Feuer deuten.
Um 1465 erblickte, der später als Ablassprediger bekannte Dominikanermönch und Gegenspieler Martin Luthers, Johannes Tetzel in Pirna das Licht der Welt.
In der Zeit des 30-jährigen Krieges wurde Pirna von den Schweden belagert. Als beim Abzug der Schweden die Stadt eingeäschert werden sollte, ritt der Besitzer der Löwenapotheke Theophilus Jacobäer durch die feindlichen Reihen und verhindert durch einen Fürbittbrief an die sächsische Kurprinzessin Magdalena Sibylle (eine Freundin der schwedischen Königin) die totale Vernichtung der Stadt. Der Einfall und der Abzug der Schweden werden jedes Jahr von der Schauspielgruppe „Der Retter“ nachgestellt.
1813 besetzen französische Truppen die Stadt, im Zuge dessen weilte Napoleon einige Tage in Pirna. In der weiteren Entwicklung der Stadt wurden der Dampfschiffverkehr auf der Elbe und der fahrplanmäßige Eisenbahnverkehr aufgenommen. Durch den Aufbau der Innenstadt ist ein Großteil der Häuser und Gebäude im Stadtkern restauriert und renoviert wurden. Der Markt und seine Gassen haben sich zu einem sehenswerten Viertel mit Restaurants, Bars und Cafés sowie verschiedenen kulturellen Angeboten entwickelt.